Результати контрольованих досліджень засвідчують ефективністьсистемної сімейної психотерапії при:
•    Проблеми у взаєминах, зокрема, у родинних взаєминах;
•    Фобії (страхи);
•    Депресивні переживання;
•    Симптоматика малопрогредієнтної шизофренії;

Не виявлено помітних успіхів або наявні суперечливі результати, наприклад, при лікуванні делінквентності, алкоголізму та залежності від психоактивних речовин.

Е.Г. Ейдеміллер, І.В. Добряков, І.М. Нікольська вказують також наступний перелік показів до системної психотерапії (ст. 143):

Эйдемиллер Э. Г., Добряков И. В., Никольская И. М. Семейный диагноз и семейная психотерапия. Учебное пособие для врачей и психологов. Изд. 2-е, испр. и доп. – СПб.: Речь, 2006, 352 с, илл.
Покази:
•    Неврози та інші межові розлади;
•    Психосоматичні розлади;
•    Алкоголізм;
•    Малопрогредієнтна шизофренія;
•    Міжособистісні конфлікти та проблеми у взаєминах;

Малоефективним є використання системної сімейної психотерапії при:
•    стійких змінах характеру при істероїдній, епілептоїдній і паранояльній психопатії:
•    психотичних станах – при порушеннях мислення і свідомості, марення.
В таких випадках необхідним є призначення відповідної біологічної терапії, а потім вирішення питання про вибір методу психотерапії, її завдань і об'єму.
Сімейну психотерапію не рекомендується використовувати також у випадках ригідності життєвих установок, особливо пов'язаних із старечим віком.

Клінічними протоколами NICE (Національного інституту здоров'я і якості медичної допомоги Великобританії) для лікування основних психічних розладів системна психотерапія рекомендована (щонайменше 15 сесій раз на два тижні) при депресивних розладах (див. стор. 25) різної важкості у випадках, якщо депресія не піддається комбінованому лікуванню специфічною психотерапією та медикаментами після 6 сесій, або пацієнт відмовляється від медикаментозного лікування (див. "Синапсис діагностичних критеріїв DSM-5", ст. 60); при розладах поведінки у дітей (див. "Синапсис...", ст. 110).